Johann Sebastian Bach war zweifellos über den Fortgang der Arbeiten an der Orgel für die Neue Kirche durch die in Arnstadt ansässigen Verwandten informiert. Man kann davon ausgehen, dass er schon zeitig sein ernsthaftes Interesse an der neu zu besetzenden Organistenstelle angemeldet hatte.
Es war üblich, dass der Orgelbauer erst bezahlt wurde, wenn die Orgel geprüft und für gut befunden war. Aufgrund seiner bereits guten Fachkenntnisse im Orgelbau wurde der 18-jährige Johann Sebastian, der zu der Zeit Violinist in Weimar war, von Martin Feldhaus - er war verantwortlich für den Orgelbau und verwandt mit ihm - zur Abnahme der Orgel eingeladen. Seine geniale Veranlagung als Musiker wurde nach dem Prüfungsspiel am 13. Juli 1703 anerkannt, indem keine weiteren Bewerber zur Probe geladen wurden.
Über solche Orgelproben erzählte Carl Philipp Emanuel später: „Er sagte zum Spaß, vor allen Dingen muß ich wissen, ob die Orgel eine gute Lunge hat, um dieses zu erforschen, zog er alles Klingende an, und spielte so vielstimmig als möglich. Hier wurden die Orgelbauer oft vor Schrecken ganz blaß.“
Die Prüfung fiel zur Zufriedenheit des Konsistoriums aus. Friedrich Wender erhielt sein Geld und Johann Sebastian Bach die Zusage für die Stelle. Dass Bach in der Zahlungsanweisung als „Fürstliche Sächsischer HoffOrganist zu Weimar“ bezeichnet wird, entspricht nicht den Tatsachen. In den Rechnungen des Weimarer Hofes ist der junge Bach als „Laquey“ bezeichnet. Ob Martin Feldhaus ihn unter diesem Titel in Arnstadt einführte oder ob Bach sich möglicherweise selbst so vorgestellt hat, bleibt Spekulation.