Laut Vertrag bestand Bachs Dienst im Orgelspiel zum sonntäglichen Gottesdienst, zur Betstunde am Montag und zur Frühpredigt am Donnerstag. Als Besoldung erhielt er 84 Gulden und 6 Groschen aus dem Gotteskasten, der Brauzinskasse und dem Hospital St. Georg für Auslagen an Kost und Wohnung.
Solange die Neue Kirche über keine Orgel verfügte, wurde zur Unterstützung des Gemeindegesanges der Schülerchor einbezogen. Man erwartete nun auch von Johann Sebastian Bach die Übernahme der Kantorenpflichten. Bach weigerte sich hartnäckig, er war laut Vertrag nicht dazu verpflichtet.
Im August 1705 wurde Johann Sebastian Bach mehrfach vor das Konsistorium geladen, weil sich die Klagen über Disziplinlosigkeit der Chorschüler häuften. Außerdem war es zu Handgreiflichkeiten, provoziert durch den Schüler Geyersbach, gekommen. Bach hatte ihn einen Zippel-Fagotisten geschimpft, da dieser bei Aufführungen mit Orchester das Fagott blies, und möglicherweise die Probe nicht ernst genug nahm. Die wenigen Quellen aus Bachs Arnstädter Zeit dokumentieren im wesentlichen seine Auseinandersetzungen mit dem Konsistorium.